En 1939, de nombreux établissements (dont la Maison-Mère de Fougères) sont réquisitionnés pour établir les hôpitaux militaires complémentaires.

Les Annales de la Congrégation témoignent :

• « [1939] Il fallut alors faire des tours de force pour ainsi dire, et consentir à de véritables organisations de fortune, pour aller au secours d’une trentaine d’écoles de garçons restées sans maître pour la mobilisation. […] Cette année 1940, une des plus tristes que nous ayons vécues, s’ouvrit dans l’épreuve puisque la guerre continuait. Bien que sur le front français il n’y eût point de combats, par conséquent peu ou point de blessés, le neuf Janvier des soldats malades furent amenés à l’ambulance [1]. Tout l’hiver il y en eut, grippés, enrhumés, ou fatigués par la rigueur de la saison. Il y en avait eu à la clinique [Saint-Joseph] dès la mi-novembre.

• L’organisation de l’ambulance fut hélas comme bien d’autres dans l’armée, bien défectueuse. Tout manquait au début et nos sœurs infirmières eurent bien du mal, ne pouvant obtenir facilement ce qui leur était nécessaire pour donner les soins aux soldats. Heureusement pour eux, la Communauté était proche et procurait l’indispensable, même l’agréable à l’occasion. Après les petits détails des verres à ventouses, d’autres suivirent, gâteries des dimanches et jours de Fêtes, bons grogs, vin chaud, gâteaux succulents, etc… ; les soldats connaissaient bien la bonne Mère Générale, et les pauvres et ceux qui étaient sans famille, ne quittaient point l’ambulance sans avoir à peu près renouvelé leurs lainages et petit trousseau. Parfois même elle intervint soit pour l’hospitalisation d’un soldat fatigué et trop tôt à la fin de sa permission, ou pour l’obtention d’une bonne convalescence à un hospitalisé sortant. En général les soldats aimaient Rillé et s’y plaisaient. […] Nous n’eûmes pas à nous plaindre des relations avec les médecins, le personnel infirmier, le gestionnaire. Tout se passa bien. […] »

Lorsque la guerre éclate, les sœurs infirmières déjà formées sont opérationnelles pour soigner les blessés, tandis que d’autres sœurs se forment sur le terrain. Les sœurs enseignantes continuent leur mission et viennent en aide aux écoles dans le besoin, par ailleurs certaines deviennent secouristes.